โรงพยาบาลสมเด็จพระปิ่นเกล้าเป็นสถาบันหลักของกรมแพทย์ทหารเรือที่มีภารกิจหลักในการผลิตศัลยแพทย์/ศัลยแพทย์ทหารที่มีศักยภาพในการดูแลผู้ป่วยด้านศัลยกรรม มีความพร้อมที่จะพัฒนาเป็นอาจารย์แพทย์ สามารถสนับสนุนภารกิจให้กับกองทัพเรือกระทรวงกลาโหมซึ่งประกอบไปด้วยภารกิจทางทหารและการบริการทางการแพทย์เพื่อให้การดูแลรักษาข้าราชการ,ครอบครัวและประชาชนทั่วไป ทั้งในสถานการณ์ปกติและในกรณีสาธารณภัยต่างๆและผลิตศัลยแพทย์เพื่อปฏิบัติหน้าที่ให้บริการทางการแพทย์และระบบสาธารณสุขของประเทศไทย เป็นภารกิจรอง 

           โรงพยาบาลสมเด็จพระปิ่นเกล้ากาหนดพันธกิจด้านการศึกษาของหลักสูตร ดังนี้ “เพื่อผลิตศัลยแพทย์หรืออาจารย์แพทย์สาขาศัลยกรรมที่มีคุณภาพ ตามเกณฑ์มาตรฐานผู้มีความรู้ความชานาญในการประกอบวิชาชีพเวชกรรม สาขาศัลยศาสตร์ของแพทยสภา ที่มีความเป็นเลิศในด้านวิชาการ คุณธรรม จริยธรรม เพื่อพัฒนาบริการด้านศัลยกรรม ตอบสนองต่อภารกิจของกองทัพเรือ รวมทั้งระบบการบริการทางสาธารณสุขของประเทศ” โดยฝึกอบรมให้ศัลยแพทย์มีความสามารถทั้งในส่วนบุคคล การสื่อสารและปฏิสัมพันธ์ และการทางานรวมกันเป็นทีมในการวินิจฉัยรักษา การทาหัตถการ และการบริหารจัดการทางการแพทย์เพื่อแก้ไขภาวะโรคทางศัลยกรรมได้อย่างเหมาะสมตามมาตรฐานวิชาชีพ โดยมีทั้งคุณธรรม จริยธรรม มีความรับผิดชอบ และเจตคติที่ดีต่อผู้ป่วย ผู้ร่วมงานและองค์กร ตลอดจนมีความสามารถในการทางานวิจัยเพื่อสร้างองค์ความรู้ มีการเรียนรู้อย่างต่อเนื่อง และสามารถบริหารจัดการเพื่อความเตรียมพร้อมในการสนับสนุนต่อภารกิจต่างๆได้ตามมาตรฐานของวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทย และเกิดประสิทธิภาพสูงสุด